Dire que « le cerveau sécrète la pensée comme le foie sécrète la bile » revient à réduire la pensée à un phénomène purement matériel et causal. Or, si la pensée n’est qu’un effet biologique, elle ne peut plus être dite rationnelle : elle n’est ni vraie ni fausse, mais simplement produite mécaniquement. La raison, qui suppose la capacité de juger, de justifier, d'abstraire, en s'élevant au-dessus de la simple réalité matérielle et singulière, disparaît alors.

De plus, un tel matérialisme est incompatible avec le libre arbitre. Si nos pensées et nos décisions sont entièrement déterminées par des causes cérébrales, nous ne choisissons pas librement : nous subissons un enchaînement nécessaire de causes. Assimiler la pensée à une sécrétion revient donc à nier à la fois la raison et la liberté du sujet.

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