Saint Jean Chrysostome utilise le mot συνὀδος, synode, pour désigner l'assemblée réunie pour la prière
σύνοδος.
Le mot est proparoxyton (il a l'accent, au nominatif, sur la syllabe avant l'avant-dernière).
Quand la dernière syllabe devient longue (comme au génitif, dans votre citation), l'accent avance d'une syllabe et devient paroxyton.
On le prononce bien entendu comme-ça. C'est ainsi qu'on retient les accents.
Plus de détails dans le petit livre très utile de Michel Lejeune,
Précis d'accentuation grecque, édité chez Hachette à partir de 1945 et utilisé, me dit-on de source sûre, dans les classes des collèges français pour le thème grec, aux pp. 30-31.
(Je sais que le parlement grec, se croyant souverain des accents, a tout fichu en l'air en 1982, mais j'ai appris mon grec bien avant cette date, avec un autre petit livre pour les accents, et pour le thème grec, mais peu importe.)
Dans l'acception générale d' "assemblée", σύνοδος existe depuis Hérodote et Thucydide.
Cela fait un petit moment.
Saint Jean Chrysostome savait bien entendu ce qu'il écrivait. Il était catholique de surcroît.
Merci de l'avoir rappelé. Ce n'est pas inutile par les temps qui courent.