Cléry devient la nécropole des Dunois-Longueville et le dauphin Louis, devenu Louis XI (1461-1483), y effectue de nombreux séjour. Il s'y est fait aménager un petit oratoire depuis lequel il assiste sans être vu à la messe. Sa résidence est toute proche (aujourd'hui l'école privée Jeanne d'Arc) et un passage souterrain lui permet de gagner la sacristie sans passer par l'extérieur. A sa mort, en 1483, c'est là que le Valois veut reposer, refusant ainsi d'être inhumé, conformément à la tradition, aux côtés de ses aïeux à Saint-Denis. Son épouse, Charlotte de Savoie, l'y rejoint quelques mois plus tard. Leur fils Charles VIII (1483-1498) a décidé de donner son cœur au sanctuaire tant vénéré par son père.

Henri II offre de belles stalles en bois aux chanoines de Cléry. La ville et la collégiale sont pillées à deux reprises durant les Guerres de Religion, mais hormis le gisant de Louis XI, totalement détruit, l'église ne subit que peu de dégâts. Louis XIII commande un nouveau mausolée au sculpteur Bourdin en 1622.
Les révolutionnaires se contentent de violer la sépulture de Charlotte de Savoie et de fondre son cercueil en plomb.

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