Remarque préalable : il ne faut pas confondre :
- l'impossibilité de recevoir la communion (cas par exemple des divorcés "remariés" ou de toute personne en état de péché mortel) ;
- et l'excommunication, qui est une peine canonique bien précise :

LIVRE VI - LES SANCTIONS DANS L’ÉGLISE
PREMIÈRE PARTIE - LES DÉLITS ET LES PEINES EN GÉNÉRAL
TITRE I - LA PUNITION DES DÉLITS EN GÉNÉRAL
Can. 1311 – L’Église a le droit inné et propre de contraindre par des sanctions pénales les fidèles délinquants.
Can. 1312 – § 1. Les sanctions pénales dans l’Église sont :
1 les peines médicinales ou censures énumérées aux can. 1331-1333 ;
2 les peines expiatoires dont il s’agit au can. 1336.
§ 2. La loi peut établir d’autres peines expiatoires, qui privent le fidèle d’un bien spirituel ou temporel, et qui soient conformes à la fin surnaturelle de l’Église.
§ 3. En outre, sont employés des remèdes pénaux et des pénitences, les premiers surtout pour prévenir les délits, les secondes plutôt pour remplacer une peine ou l’augmenter.
...
TITRE IV - LES PEINES ET LES AUTRE PUNITIONS
Chapitre I - LES CENSURES
Can. 1331 – § 1. À l’excommunié il est défendu :
1 de participer de quelque façon en tant que ministre à la célébration du Sacrifice de l’Eucharistie et aux autres cérémonies du culte quelles qu’elles soient ;
2 de célébrer les sacrements ou les sacramentaux, et de recevoir les sacrements ;
3 de remplir des offices ecclésiastiques, des ministères ou n’importe quelle charge, ou de poser des actes de gouvernement.
§ 2. Si l’excommunication a été infligée ou déclarée, le coupable : 1 s’il veut agir contre les dispositions du § 1, n. 1, doit en être écarté, ou bien il faut interrompre l’action liturgique, à moins qu’une raison grave ne s’y oppose ; 2 pose invalidement les actes de gouvernement qui selon le § 1, n. 3, ne lui sont pas permis ; 3 n’est pas autorisé à jouir des privilèges qui lui avaient été précédemment accordés ; 4 ne peut obtenir validement une dignité, un office ou une autre charge dans l’Église ; 5 ne peut s’approprier les fruits d’une dignité, d’un office, de n’importe quelle charge ou d’une pension qu’il aurait dans l’Église.
Can. 1332 – Qui est interdit est atteint par les défenses mentionnées (...)

"infligé ou déclaré" : infligé signifie qu'un tribunal a prononcé une sentence infligeant une peine ferendae sententiae ; déclaré : qu'un tribunal (ou une autorité administrative) a déclaré que le prévenu avait bien encouru une peine latae sententiae.

***
Par ailleurs, il n'y a pas lieu de distinguer ici entre péché grave et péché mortel (cette distinction ayant été rejetée par Rome).

Votre préambule fait allusion à la problématique péché matériel et péché formel. Effectivement, quand on parle de péché mortel (objectivement), on fait allusion à la "matière grave". Mais il est bien connu que l'intention d'une personne peut faire changer de catégorie le péché. Par exemple si la personne est persuadée de bonne foi que son acte est un péché véniel ou même pas un péché du tout : la loi républicaine le permet, tout le monde le fait, donc je vais le faire aussi. Autre exemple : une adolescente vole un bijou à une fille inconnue, croyant que c'est un faux bijou à 9 € : c'était en réalité un vrai, d'une valeur de 100.000 €. Elle a commis - subjectivement - un péché véniel (mais une fois découvert la vérité, il va falloir réparer, sinon on tombera dans le péché mortel).
Inversement, un cambrioleur vole un bijou de grand prix : en réalité, c'était un faux, mais il a bien commis un péché mortel.

Bref, excommunication ou pas, le maçon qui entre de bonne foi est de bonne foi, subjectivement il n'a pas commis de péché mortel, et il peut même communier (si réellement il n'a pas commis de faute : mais il a pu commettre une faute en négligeant d'étudier la question).
D'après les canons 1321 à 1324 (et les commentaires communément admis), il n'y aurait pas non plus d'excommunication si le sujet n'avait pas commis de péché mortel (subjectivement).
Donc : si conversion, il faut quitter la loge. C'est tout à fait faisable pour les grades inférieurs (voir Dr Caillet).

Il n'y a pas de contradiction du point de vue du Magistère : ici il est question de sanctions à appliquer, c'est une question de Droit pénal et non de magistère (doctrinal). La note du Card. Ratzinger explique que la position (doctrinale) de l'Eglise reste inchangée.

     

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