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À l’arrivée de Bellarmin, l’Université, qui avait joué une part si éminente dans la renaissance catholique, passait par une dangereuse crise interne, causée par le célèbre docteur Michel de Bay. De Bay, ou Baius, comme on l’appelle d’ordinaire, avait vécu à Louvain la plus grande partie de son existence studieuse, et éminemment respectable. Mais le chancelier Ruard Tapper qui lui succéda à l’Université détecta vite une faille dans ce caractère autrement sans reproche : l’attrait pour des nouveautés intellectuelles. Plus humaniste que théologien, le Dr. Michel nourrissait une aversion particulière pour la scolastique sous toutes ses formes ; le mépris qu’il manifestait pour les docteurs médiévaux ne venait pourtant pas de cette longue familiarité avec leurs écrits qui avait fait la force de tant de ses prédécesseurs. Saint Paul et saint Augustin étaient ses guides favoris, et il prétendait y découvrir une série de propositions qui s’écartaient de l’enseignement traditionnel sur la grâce et le libre arbitre. En 1567, Pie V en condamna soixante-dix-neuf. La bulle ne mentionnait pas le nom de Baius, et comme beaucoup de documents de l’époque, elle ne comportait ni ponctuation ni paragraphes. Sa phrase essentielle est restée célèbre. « Ces opinions quoi qu’on puisse les tenir d’une certaine manière au sens strict des mots tels que le voulaient ceux qui les ont rédigées nous les condamnons comme hérétiques et erronées. » Le sens varie du tout au tout si l’on place une virgule après le mot « manière », ou plus bas, après le mot « rédigées ». La première interprétation condamnait Baius et ses amis d’une manière expresse, mais l’autre leur laissait une chance : ils pouvaient discuter pour sortir du coin où ils étaient enfermés. Le résultat immédiat fut une controverse sur ce comma pianum, qui rappelait sur une petite échelle les débats enflammés d’une autre époque à propos d’un iota.