Et puis j'imagine le pauvre gosse qui serait déclaré "autre",
et que ce soit marqué sur tous ses papiers,
au vu et au su de tous ses professeurs et camarades de classe...

Biologiquement, cela s'appelle un monstre.
Bon, évidemment, on évitera de traiter de monstre les intéressés,
mais le législateur légifère pour les gens normaux et non pour les cas extraordinaires.

D'une manière générale, et pour des questions purement pratiques, pour un cas de ce genre, dès qu'il y a un doute, j'aurais tendance à penser qu'il est nettement préférable de déclarer l'enfant comme fille.
Et penser à lui donner un prénom unisexe (par exemple Claude, Camille, Dominique...).
Tout au plus pourrait-on cocher une case confidentielle sur le registre de l'Etat-civil, pour dire que la détermination du sexe de l'enfant est sujette à un doute, et que quand celui-ci sera adulte il pourra le faire rectifier plus facilement.

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