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Des partenaires privés font également partie du projet parmi les plus grandes industries nationales dans le domaine des maladies infectieuses et de la microbiologie (Institut Mérieux, Sanofi Aventis, Cerba European Lab, IRT Lyon, Qiagen) mais aussi des entreprises locorégionales (Galderma, Consortium MediHandtrace, I2a) ainsi que le Crédit Coopératif, qui soutenait déjà la Fondation Infectiopôle Sud, et la Caisse d’Epargne.