Pendant près de trois siècles se dressait à côté de l'église, le séminaire de Saint-Nicolas du Chardonnet fondé par Adrien BOURDOISE en 1612. L'Etat s'est attribué les bâtiments lors de l'affaire des inventaires. Ils se trouvaient alors à l'emplacement de la salle de la Mutualité. Devant cette spoliation, le curé de Saint-Nicolas, le chanoine Gabriel LENERT, souhaitant perpétuer le lien séculaire qui unissait la paroisse à la formation des prêtres, entreprit de fonder la confrérie de Marie-Immaculée, reine du Clergé.

Le 20 mai 1908, il a été reçu à Rome par saint Pie X et le 21 il recevait la lettre cachetée, écrite par le pape l'autorisant à recevoir des membres dans la confrérie :

"[...] Nous accordons à notre cher fils, le curé de Saint-Nicolas du Chardonnet, la permission d'inscrire dans la confrérie n'importe quels fidèles disposés à en remplir les conditions et celle d'ajouter aux litanies dans l'église susdite, l'invocation Regina cleri ora pro nobis. De plus, à tous les membres de la confrérie, nous accordons une indulgence plénière au jour où sera célébrée la messe annuelle et pour chaque réunion mensuelle et une indulgence de trois cents jours chaque fois qu'ils réciteront l'invocation Reine du clergé, priez pour nous".

Le 20 mai 1912, saint Pie X l'érigeait à perpétuité en "archiconfrérie".

L'archiconfrérie a, comme bien des trésors de l'Eglise, été reléguée lors des années de plomb. Sa restitution concrète est toujours en projet. Pour l'heure, l'invocation "ô Marie reine du clergé" est toujours récitée dans les litanies. La statue de la Vierge à l'enfant, reine du Clergé, portant dans le calice dans sa main droite, est souvent exposée. Elle est également représentée sur le vitrail de la façade de l'église, au-dessus de l'orgue.