''Incompris et souvent taxé d'optimisme naïf par la curie romaine, Pedro Arrupe resté fidèle à la ligne définie par les Congrégations générales, est désavoué quasi publiquement par Jean-Paul II.
Après l'accident vasculaire cérébral du Père Arrupe qui le laisse aphasique et paralysé, le pape suspend le droit de la Compagnie et annulant la nomination de Vincent O'Keefe comme vicaire général, nomme à sa place un délégué personnel avec pleins pouvoirs, avec pour mission de remettre de l'ordre dans la Compagnie soupçonnée d'être trop proche de la 'théologie de la libération', bien que la position d'Arrupe fût nuancée, ce qui sera vu comme une immixtion dans le processus électoral des jésuites.
Nombre d'observateurs considèrent Pedro Arrupe comme un véritable refondateur de l'Ordre10, ayant transformé l'image d'une Compagnie gardienne du conservatisme par le développement du travail dans le domaine de l’apostolat social et la priorité donnée à la lutte contre la pauvreté. Sous son supériorat, le nombre des jésuites baisse de 36 000 à un peu plus de 23 000.''