C'est le propre des hérétiques que de suivre l'Eglise sur certains points et d'être en désaccord avec elle sur d'autres, in aliquibus communiter sentire cum Ecclesia, in aliquibus dissentire ab ea
« Ce qui nous caractérise dans notre rapport à l’Église, c’est que nous avons un pied dedans et un pied en dehors, explique Hugues Boiteux, secrétaire national salarié du mouvement, chargé des affaires “Église, religion et spiritualité”. (sic) C’est une position délicate et un équilibre difficile à tenir. Mais nous nous adressons à tous : catholiques, agnostiques, athées… Nous souhaitons contribuer à ouvrir les portes de l’Église en assumant un christianisme ancré dans la société et qui bouscule les certitudes. »
Le MRJC n’a pas pris de position nationale pendant les débats sur le mariage entre couples de même sexe en 2013. En revanche, certains de ses membres ou anciens membres avaient pris publiquement position en faveur de la loi.