Lors de la procession d'entrée de la messe de Noël célébrée en la basilique Saint-Pierre au Vatican le 24 décembre 2009, le cardinal Etchegaray est tombé et s'est fracturé le col du fémur, pris dans la bousculade qui visait le pape Benoît XVI. Il a été opéré à l'hôpital Gemelli à Rome2 dans la matinée du dimanche 27 décembre 2009, avec succès, selon le Vatican.