D'après mon expérience, quand on donne (correctement) la Communion sur la langue à tous les fidèles d'une église pleine, il y a au maximum une personne qui dépose de la salive sur l'ongle du prêtre ; souvent il n'y en a pas.
UNE personne. Donc les risques de transmission sont nuls (sauf pour le prêtre qui va faire les ablutions et boire ce qui lui aura été versé sur les doigts...)
A l'inverse, en été, quand on dépose l'Hostie sur une main, celle-ci est très souvent dégoûtante de transpiration et de fond de teint. Elle a traîné on ne sait où : sur les barres des wagons de métro, etc. Je suis vraiment horrifié quand je dois le faire (et là je me récupère sur les doigts ce mélange de transpiration et de crème bronzante ; mais c'est surtout à Jésus que je pense...).
Donc cette vertueuse indignation hygiéniste me semble totalement sans objet.
Surtout quand on sait à quelle époque nous vivons : il y a quelques années, des personnes travaillant dans un lycée mixte se plaignaient qu'il n'était plus possible de passer dans les couloirs, ceux-ci étaient totalement bloqués par des élèves en train s'adonner au "french kiss". La multiplication de ce genre de pratiques et autres analogues est infiniment plus dangereuse.

Il ne serait pas inutile d'expliquer aux séminaristes comment donner la Communion sur la langue...
Pour tenir une hostie horizontale, on peut la tenir entre le pouce et l'index :
- soit avec l'index en dessous et le pouce au dessus (geste spontané, le plus naturel)
- soit avec l'index au dessus et le pouce en dessous ;
ce dernier geste me semble préférable, il permet d'incliner l'Hostie vers la langue du communiant, et cela écarte tout risque. C'est évidemment plus facile si le communiant est agenouillé, position qui évite de plus que le communiant n'avance tout le haut de son corps à la dernière seconde.

Enfin, il serait bon qu'on rappelle aux gens l'importance de la communion, l'importance des dispositions intérieures, la nécessité de s'être confessé si c'était nécessaire, et en tout état de cause depuis un temps raisonnable.
Il semble normal qu'un personne qui communie tous les dimanches se confesse une fois par mois, ou tous les deux mois en cas de difficulté.
De même qu'on effectue régulièrement un contrôle chez le dentiste, même si on croit ne rien avoir, il est très utile de faire un contrôle chez le confesseur : cela donne des grâces pour se corriger des fautes quotidiennes, et cela permet parfois de découvrir des fautes graves méconnues (voyance, superstition, divination...).
Un certain nombre de gens préféreraient renoncer à la communion plutôt que de se confesser avant. C'est le signe qu'il y a un problème grave dans leur vie spirituelle.