Le problème est que ce terme de "couple mixte" est visiblement entendu par l'auteur comme couple formé par deux personnes de religions différentes !

Je pense que c'est s'avancer un peu trop en lui donnant ce sens. Le texte du diocèse du Mans parle aussitôt après de "nations" : on peut en déduire que ce qui est entendu par "couple mixte" correspond en fait à un couple formé de deux personnes de nations différentes, de pays différents (sens que donne l'INSEE également à ce terme).
Cela ne sous-entend pas forcément deux religions distinctes !

Le texte publié sur le site du diocèse du Mans peut être critiqué et discuté, notamment dans la lecture qui est faite par l'auteur, de Pacem in terris. Mais pas au sujet de la citation concernant les couples mixtes, j'ajoute donc cette remarque aux observations de Pisciculus.