Connaissez-vous le livre "Le Droit à la Liberté Religieuse dans la tradition de l'Église", du frère Basile O.S.B. (du Barroux) ?
Je vous le recommande très chaudement, il est très complet (et du coup un peu épaix), avec une étude détaillée et chronologique de tout ce que l'Église et les principaux théologiens ont pu dire sur le sujet depuis les Pères de l'Église. On peut se le procurer sur le site Internet du Barroux

Je vous en donne ci-dessous un aperçu de ce que j'en ai retenu. Cela n'a pas forcément valeur de preuve, mais plutôt d'un résumé partiel des conclusions (c'est d'ailleurs mon résumé, pas celui de l'auteur). En particulier, cela ne prétend pas répondre en détail aux études contradictoires qui ont été faites du sujet (tel le livre que l'abbé Lucien a écrit avant de changer d'avis), mais plutôt donner les clés qui permettent de comprendre DH et de résoudre les difficultés soulevées.

On y voit comment les droits à la Liberté de Concience et des Cultes (LCC), condamnés en particulier par Grégoire XVI et Pie IX d'une part, et d'autre part le droit à la Liberté Religieuse (LR) enseigné à Vatican II, bien qu'apparemment semblables, sont en fait fort différents. Pour cela je m'appuis sur trois points forts principaux, puis d'autres observations annexes.

1) L'objet du droit.
Les droits réclamés par les libéraux au XIXe, contenus dans la Déclaration des Droits de l'Homme et du Citoyen (DDHC) de 1989, sont des droits sans limites intrinsèques, des droits de faire tout ce qu'on veut, ou ce que bon nous semble. A l'appui de cette thèse, citons par exemple Grégoire XVI :

Cette licence de penser, de dire, d'écrire et même de faire imprimer impunément (...) tout ce que peut suggérer l'imagination la plus déréglée [est] un droit monstrueux.

Au contraire, le droit affirmé au concile Vatican II est un droit de ne pas être empêché d'agir selon sa conscience, ni forcé d'agir contre sa conscience.

Le fait que les deux aient des conséquences publiques en terme de droit civil ou de liberté d'expression ne change rien à cette différence fondamentale.

2) Le type de droit.
Les droits réclamés au XIXe par les libéraux valent une approbation positive de toute religion ou non-religion, y compris dans ce qu'elles ont d'erroné. Ce qui explique et éclaire la référence constante que les Papes ont fait à l'Indifférentisme (ou au naturalisme) aussi bien comme source que comme conséquence de ces droits. Et qui pourrait nier que pour beaucoup de nos concitoyens, encore aujourd'hui, la liberté de conscience prend son sens dans le relativisme : nul n'a la vérité, aussi toutes les "vérités" particulières se valent. Relativisme qui, soit dit en passant, a été une nouvelle fois la cible prioritaire de Benoît XVI dans le discours qu'il a tenu ce 12 septembre au Collège des Bernardins.

Bien sûr une telle liberté est profondément contraire à la Révélation, qui nie fortement toute liberté morale vis-à-vis du vrai Dieu, et condamne sévérement les idolâtries du peuple d'Israel (dont on ne peut d'ailleurs pas supposer qu'il agissait "selon sa conscience").

Au contraire, le droit à la LR selon Dignitatis Humanae (DH) n'est en rien un droit à l'erreur ; c'est un droit négatif, un droit à la tolérance : « de telle sorte qu'en matière religieuse nul ne soit forcé d'agir contre sa conscience, ni empêché d'agir, dans de justes limites, selon sa conscience ».

En outre, le droit à la LR selon DH ne se fonde aucunement sur le relativisme, l'indifférentisme ou une négation du devoir de rechercher l'unique vraie religion du seul vrai Dieu. Au contraire, elle cherche à assurer une sphère de liberté à l'homme pour que celui-ci puisse accomplir son devoir selon sa vraie vocation, non par force mais par amour. Permettez-moi de citer in extenso le paragraphe qui suit immédiatement la définition si connue de la LR, dans la même section 2 de DH :

En vertu de leur dignité tous les hommes, parce qu'ils sont des personnes, c'est-à-dire doués de raison et de volonté libre, et par suite, pourvus d'une responsabilité personnelle, sont pressés par leur nature même et tenus par obligation morale à chercher la vérité, celle tout d'abord qui concerne la religion. Ils sont tenus aussi à adhérer à la vérité dès qu'ils la connaissent et à régler toute leur vie selon les exigences de cette vérité. Or, à cette obligation les hommes ne peuvent satisfaire, d'une manière conforme à leur propre nature, que s'ils jouissent, outre la liberté psychologique, de l'immunité à l'égard de toute contrainte extérieure. Ce n'est donc pas dans une disposition subjective de la personne mais dans sa nature même qu'est fondé le droit à la liberté religieuse. C'est pourquoi le droit à cette immunité persiste en ceux-là même qui ne satisfont pas à l'obligation de chercher la vérité et d'y adhérer; son exercice ne peut être entravé dès lors que demeure sauf un ordre public juste.

Il ne s'agit donc aucunement de ne « [gouverner] sans plus tenir compte de la Religion que si elle n'existait pas, ou du moins sans faire aucune différence entre la vraie et les fausses religions », ni de « [ne pas] réprimer par des peines légales les violateurs de la religion catholique ».

3) Des limites différentes.
Il s'agit là des limites extrinsèques du droit. Jusqu'où s'étend-il ? Selon la DDHC la liberté s'arrête là où commence celle d'autrui. C'est clairement insuffisant. En pratique la DDHC pose la loi comme limite des libertés. Mais qu'est-ce que la loi pour la DDHC ? La loi est l'expression de la volonté générale, sans nulle référence à une quelconque transcendance ni même à une quelconque vérité objective qui s'imposerait à l'homme.

Certes à cette époque la loi incluait le respect d'une certaine morale naturelle héritée de la culture chrétienne. Mais ce respect ne se basait que sur la volonté générale. Et lorsque les moeurs sont devenus plus dissolus, cette morale est partie avec.

Au contraire, les limites du droits à la LR de DH sont l'ordre public juste, quelque chose d'établi selon des critères objectifs :

Dans l'usage de toute liberté doit être observé le principe moral de la responsabilité personnelle et sociale: la loi morale oblige tout homme et groupe social dans l'exercice de leurs droits à tenir compte des droits d'autrui, de ses devoirs envers les autres et du bien commun de tous. A l'égard de tous il faut agir avec justice et humanité.
En outre, comme la société civile a le droit de se protéger contre les abus qui pourraient naître sous prétexte de liberté religieuse, c'est surtout au pouvoir civil qu'il revient d'assurer cette protection; ce qui ne doit pas se faire arbitrairement et à l'injuste faveur d'un parti mais selon des normes juridiques, conformes à l'ordre moral objectif, requises par l'efficace sauvegarde des droits de tous les citoyens et de leur pacifique accord, et par un souci adéquat de cette authentique paix publique qui consiste dans une vie vécue en commun sur la base d'une vraie justice, ainsi que par le maintien, qui se doit, de la moralité publique. Tout cela fait fondamentalement partie du bien commun et entre dans la définition de l'ordre public. Au demeurant, il faut s'en tenir à la coutume de sauvegarder intégralement la liberté dans la société, usage demandant que le maximum de liberté soit reconnu à l'homme, et que celle-ci ne soit restreinte que lorsque c'est nécessaire et dans la mesure qui s'impose.

Je me permets de souligner le mot "objectif", ajouté dans le texte à la demande d'un certain Mgr Wojtyla...

4) Le sujet du droit:
Une précision supplémentaire doit être apporté. DH n'affirme nullement un droit de l'erreur ou des fausses religions en tant que telles. Affirmer un droit de l'erreur serait absurde, cela n'a pas de sens. Dans DH, il s'agit d'un droit de la personne humaine. Certes il s'étend naturellement au regroupement de plusieurs personnes (en conformité avec la nature sociale de l'homme).

Conclusion:
Est-ce à dire que Dignitatis Humanae n'a rien apporté de nouveau ? Pourquoi alors ces changements d'attitude, ces modifications de concordats ? (il s'agit de modifications partielles : les constitutions des pays catholiques sont restées d'inspiration catholique, il n'y a pas eu de "séparation de l'Église et de l'État", du moins pas selon le sens de cette expression reçu en France.)
DH apporte bien quelque chose de nouveau. Il s'agit d'un approfondissement du problème, d'un degré de précision supplémentaire ; en un mot d'un développement homogène de la doctrine catholique.

Une difficulté : comment concilier ce droit à la LR avec l'antique pratique de l'Église ?

Une réponse (succincte) est la suivante :
Dans le passé les fausses religions ont parfois été de graves dangers pour la société (en particulier les Cathares qui mettaient en péril les fondements de toute civilisation). Mais plus généralement, chaque religion constituait malheureusement un danger pour l'exercice du droit à la LR de sa voisine, ce qui nécessitait d'en contrôler l'expression. Enfin, les circonstances (une population peu éduquée, éventuellement une conception trop stricte de la "moralité publique", etc.) faisaient que l'expression publique d'un faux culte causait un vrai scandale.

En pratique il fallait non pas nier le droit à la LR lui-même, mais en limiter l'usage. Et cela n'est rien d'autre qu'une application de DH : « son exercice [du droit à la LR] ne peut être entravé dès lors que demeure sauf un ordre public juste ». Si l'ordre public juste est violé, l'usage du droit doit être limité. (Dans ces conditions l'affirmation du droit naturel à la LR tel que l'enseigne DH, bien que vrai, n'était pas opportune).

Évidemment il s'agit d'une lecture a posteriori des actions des catholiques qui nous ont précédé, ceux-ci n'ayant pas une connaissance aussi claire des développements dogmatiques qui n'avaient pas encore eu lieu.